故事从97年《最终幻想VII》结局两年之后开始，当人们以为世界已经和平之时，所谓的“星痕症候群”的病却开始四处蔓延，世界再度面临危机。同时曾经为拯救世界而战的英雄克劳德以及与之共同浴血奋战于战场上的同伴们却与世隔绝的生活着，因为艾莉丝的死，致使克劳德到如今还沉浸在无限的伤痛之中，殊不知危险已经慢慢地向他靠近了……